Ud over de vacciner, som indgår i børnevaccinationsprogrammet er der mulighed for at vaccinere børn mod bl.a. hepatitis B, influenza, meningokoksygdom, variceller og rotavirus. Nogle af vaccinerne anvendes rutinemæssigt til børn i risikogrupper. Hvis forældre ønsker det, kan disse vacciner mod egenbetaling også gives til i øvrigt raske børn. 

Visse vacciner (fx vaccine mod HPV) gives i vaccinationsprogrammet alene til børn i en bestemt alder, men kan mod egenbetaling gives til unge og voksne, der ikke er omfattet af børnevaccinationsprogrammet. 

I dette afsnit beskrives vacciner, der hovedsageligt gives til børn. Disse omfatter hepatitis B-vaccine, varicelvaccine og rotavirusvaccine.  

Influenzavaccine og meningokokvacciner er beskrevet i Andre vacciner, der fortrinsvis anvendes til voksne.